Doxygen-это система документации для C, C++, Java, Objective-C, Python, IDL (Corba и Microsoft ароматов), Fortran, VHDL, PHP, C# и в некоторые степени D. Он может создавать браузер он-лайн документации (в формате HTML) или офф-лайн справочное руководство (в $mbox {латекс} $) из набора документированных исходных файлов. Также есть поддержка для генерации выходных данных в формате RTF (MS-Word), PostScript, PDF гиперссылками, сжатый HTML и Unix-man-страниц.